毛细管电泳可以按操作方式重新分为手动、半自动及全自动型毛细管电泳。

　　二：分离通道形状

　　按分离通道形状分为圆形、扁形、方形毛细管电泳等。

　　三：缓冲液的介质

　　根据配制缓冲液的介质的不同，可以把CE分为水相毛细管电泳仪和非水毛细管电泳仪。是以有机溶剂作介质的电泳缓冲液代替以水为介质的缓冲溶液，增加了疏水性物质的溶解度，特别适用于在水溶液中难溶而不能用CE分离的物质或在水溶液中性质相似难以分离的同系物，拓宽了CE的分析领域。

　　四：毛细管电泳仪具备如下优点：

　　（1）高效塔板数目在标准间，当采用CGE时，塔板数目可达标准间以上；

　　（2）快速一般在十几分钟内完成分离；

　　（3）微量进样所需的样品体积为nL级；

　　（4）多模式可根据需要选用不同的分离模式且仅需一台仪器；

　　（5）经济实验消耗不过几毫升缓冲溶液，维持费用很低；

　　（6）自动CE是目前自动化程度较高的分离方法。

　　五：缺点是：

　　（1）由于进样量少，因而制备能力差；

　　（2）由于毛细管直径小，使光路太短，用一些检测方法（如紫外吸收光谱法）时，灵敏度较低；

　　（3）电渗会因样品组成而变化，进而影响分离重现性。